Với hầu hết các nhân vật gốc hiện đang học trung học cơ sở, Thế giới kỹ thuật số được cho là an toàn và yên bình. Tuy nhiên, một ác quỷ mới đã xuất hiện dưới hình dạng Hoàng đế Digimon, một con người giống như DigiDestined, kẻ đã bắt tất cả Digimon làm nô lệ. Ba đứa trẻ mới được chọn để cứu Thế giới số và cùng với T.K. và Kari, tạo nên thế hệ DigiDestined mới.