Phim Hiệp Ẩn Ký nói về giữa những năm Thiển Khải nhà Minh, gian thần nắm quyền, bá tánh lầm than. Người của Đông Lâm Đảng muốn diệt trừ tội ác của bọn quan lại nên bị họa diệt môn. Trong lúc nguy hiểm, người đày tớ trung thành Mã Sa Kỳ đã đưa cậu chủ nhỏ Cố Nhân Nguyện chạy thoát.
Không may, trên người Cố Chấn Nguyện có 1 bí mật kinh thiên động địa nên 2 người bị cuốn vào mối nguy hiểm lớn. Trên đường đi 2 người gặp không ít kẻ muốn truy sát, may nhờ có nhưng nhân sĩ võ lâm như Dương Đông Tịnh, dì Hoa... mới thoát nạn.
Sát thủ truy sát 2 chủ tớ Diệp Hồng Ảnh được gian thần che chở, trước mặt thì tận hiếu với triều đình nhưng đã sát hại không ít người vô tội. Trong thời gian truy sát 2 chủ tớ Diệp Hồng Ảnh, Mã Sa Kỳ, Cố Nhân Nguyện, Dương Đông Tịnh chuyển từ ghét sang hiểu nhau và quyết định cùng đi trên con đường chính nghĩa - cùng diệt bỏ bọn quan lại, hoàn thành ý định của trung thần.