Genome Hazard là câu chuyện kỳ bí về Taketo Ishigami, nhà hóa học thiên tài đã phát hiện ra thi thể của vợ mình trong căn hộ của anh vào ngày kỷ niệm đầu tiên của họ.Nhân vật chính càng trở nên bối rối khi người vợ, đáng lý đã là thi thể trước mắt anh, gọi điện và nói rằng công việc của cô vẫn ổn.

Bất lực trong việc thấu hiểu suy nghĩ của bản thân, Ishigami sau đó đã gặp những người đàn ông với khuôn mặt gợi nhớ tới Đặc vụ Smith trong bộ phim Ma trận, họ buộc anh phải đi theo tới một địa điểm không xác định để thẩm vấn.

Dù không xác định được mình đang bị ai truy đuổi, trực giác của Ishigami mách bảo anh phải chạy trốn. Và cuối cùng một âm mưu thâm hiểm xung quanh Ishigami dần dần được hé lộ...