Triều đại nhà Minh, có một gia đình nọ nhiều đời làm thầy thuốc. Người con trai tên gọi Lý Thời Trân, từ nhỏ đã say mê nghiên cứu thảo dược. Tuy nhiên, thân phụ của chàng lại chỉ muốn con trai học hành tứ thư ngũ kinh để làm quan. Bất chấp sự ngăn cản của gia đình, Thời Trân vẫn tìm tòi tự học.

Bên cạnh anh luôn có sự ủng hộ của người bạn “thanh mai trúc mã” Đồng Thanh. Thời Trân rất yêu thương Đồng Thanh, nhưng chàng đã có hôn ước với tiểu thư Mộ Dung do gia đình đôi bên định sẵn. Cuối cùng, Thời Trân đành nén chặt nỗi đau vào lòng, nhìn Đồng Thanh về làm vợ... anh trai mình. Thuận theo ý cha mẹ, chàng đồng ý cưới Mộ Dung.

Thời Trân tìm niềm vui trong việc nghiên cứu thảo dược. Vốn sẵn niềm đam mê và năng khiếu trời cho, nên Thời Trân đã thành công trong việc chữa bệnh cho nhiều người.

Tiếng lành đồn xa, chàng được tiến cử làm Ngự y khi tuổi đời còn rất trẻ. Điều này đã gây nên không ít sự tị hiềm, đố kị. Và sóng gió thật sự nổi lên khi chàng bắt tay chỉnh sửa bản Thảo dược học. Họa sát thân luôn cận kề không khiến chàng trai đầy nhiệt huyết từ bỏ quyết tâm của mình. Cuối cùng, với lòng chính trực và tài trí hơn người, Thời Trân đã vược qua tất cả để lưu danh đời đời cho hậu thế.

Không chinh phục khán giả bởi những pha võ thuật đẹp mắt hay những màn thi triển võ công lở đất long trời, “Vua thảo dược” mang một nội dung nhẹ nhàng nhưng không kém phần sâu sắc, đơn giản nhưng vẫn khiến người xem phải suy nghĩ.