Ngay khi họ nghĩ rằng mình đã thoát ra ngoài, thì họ lại bị kéo trở lại — đây là cuộc chạy trốn nguy hiểm nhất từ trước đến nay. Phần ba tìm thấy Michael Scofield bị giam giữ sai ở Sona, một nhà tù địa ngục của Panama, nơi không có luật lệ, không có lính canh và không có lối thoát.