Trong phần này, Conan lại có một vụ án mới. Nhưng vụ án này lại bắt đầu từ 15 năm trước, một con tàu du ngoạn tên "Yashiromaru", được đóng bởi tập đoàn Yashiro, bị đắm khi đang thả buồm. Hiện tại, có một con tàu mới, chiếc "Saint Aphrodite", cũng được đóng bởi tập đoàn Yashiro. Conan, Sonoko và những người khác là khách mời trên con tàu ấy. Thảm kịch xảy ra khi bà chủ của dòng họ Yoshiro và chủ tịch tập đoàn bị sát hại ngay trên tàu. Thám tử Kogoro đưa ra suy luận của mình và mau chóng tìm ra hung thủ. Tuy nhiên, Conan lại có suy nghĩ khác! Liệu lần này, suy đoán của Conan có đúng? Sai lầm này sẽ dẫn đến hậu quả như thế nào?